太陽系を異生物・奇居子（ガウナ）に破壊されて千年。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を旅する、巨大なる播種船・シドニア。シドニアの最下層で育った青年・谷風長道は、衛人（モリト）と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛（ツグモリ）への搭乗を許される。長道の命を賭（と）した戦いが今ここに幕を開ける！