毎日、家に帰ると修行と称して祖父に襲いかかられる。そんなイカれた日常から脱したいと願う由緒正しき忍者の末裔・静 鵬一郎、高校1年生。平和な現代に、忍者は不要。いつものように忍者の後継から逃れるため、華の高校生活を犠牲にして一心不乱に勉学に邁進していたある日。鵬一郎を「運命の人」と訪ねてきた少女・御子神 今日花との出会いが彼の平和な日常を一変させる。忍者×陰陽師バディによる京都事件解決アクション開幕!!